SCUD (Saccharomyces Cerevisiae Ubiquitination Database)


Main Search Enzymes Substrates Ubiquitination types BLAST Feedback HELP

Substrate Information

General Information
Standard nameVPS13
Systematic nameYLL040C
AliasSOI1, VPT2
DescriptionVacuolar protein sorting-associated protein 13

Ubiquitination Features
NumberSiteTypeE2E3 ClassE3 SubclassSubstrate ReceptorUbiquitin ReceptorDUBEffect
1        Proteasomal Degradation
* Blank: not determined, NA: not applicable.

References
[1]EvidencePurification & Protein ID
Methodpurification (ubiquitin-chain by UBA domain-containing protein, 6xHis-ubiquitin (two-step)), LC/MS, validation (statistical quantitative analysis)
Reference"Quantitative profiling of ubiquitylated proteins reveals proteasome substrates and the substrate repertoire influenced by the Rpn10 receptor pathway."
Mayor T, Graumann J, Bryan J, MacCoss MJ, Deshaies RJ.
Mol Cell Proteomics. 6(11):1885-95 (2007) [17644757]

Cross References
Swiss-Prot accessionQ07878
SGD YLL040C
Gene Ontology (GO)
Cellular componentGO:0019898extrinsic to membraneIDA:SGD.
Cellular componentGO:0005739mitochondrionIDA:SGD.
Molecular functionGO:0005515protein bindingIPI:IntAct.
Biological processGO:0045324late endosome to vacuole transportIGI:SGD.
Biological processGO:0045053protein retention in GolgiIMP:SGD.
Biological processGO:0030437sporulation (sensu Fungi)IMP:SGD.
Biological processGO:0007039vacuolar protein catabolic processIMP:SGD.
EC number  

Additional Features
Other Post Translational Modifications (PTM)
Residue indexType
1379Phosphothreonine.
1382Phosphoserine.
1715Phosphoserine.
1726Phosphoserine.

Sequence Information
Sequence length3144
Molecular weight357849

	---------+----------+----------+----------+----------+
MLESLAANLL NRLLGSYVEN FDPNQLNVGI WSGDVKLKNL KLRKDCLDSL   50
NLPIDVKSGI LGDLVLTVPW SSLKNKPVKI IIEDCYLLCS PRSEDHENDE   100
EMIKRAFRLK MRKVSEWELT NQARILSTQS ENKTSSSSSE KNNAGFMQSL   150
TTKIIDNLQV TIKNIHLRYE DMDGIFTTGP SSVGLTLNEL SAVSTDSNWA   200
PSFIDITQNI THKLLTLNSL CLYWNTDSPP LISDDDQDRS LENFVRGFKD   250
MIASKNSTAP KHQYILKPVS GLGKLSINKL GSTEEQPHID LQMFYDEFGL   300
ELDDTEYNDI LHVLSSIQLR QITKKFKKAR PSFAVSENPT EWFKYIAACV   350
INEIHEKNKM WTWESMKEKC EQRRLYTKLW VEKLKLKNLE APLRDPIQEA   400
QLSELHKDLT YDEIILFRSV AKRQYAQYKL GMTEDSPTPT ASSNIEPQTS   450
NKSATKNNGS WLSSWWNGKP TEEVDEDLIM TEEQRQELYD AIEFDENEDK   500
GPVLQVPRER VELRVTSLLK KGSFTIRKKK QNLNLGSIIF ENCKVDFAQR   550
PDSFLSSFQL NKFSLEDGSP NALYKHIISV RNSSKDQSSI DNHATGEEEE   600
EDEPLLRASF ELNPLDGLAD SNLNIKLLGM TVFYHVHFIT EVHKFFKASN   650
QHMETIGNIV NAAEATVEGW TTQTRMGIES LLEDHKTVNV SLDLQAPLII   700
LPLDPHDWDT PCAIIDAGHM SILSDLVPKE KIKEIKELSP EEYDKIDGNE   750
INRLMFDRFQ ILSQDTQIFV GPDIQSTIGK INTASSTNDF RILDKMKLEL   800
TVDLSILPKA YKLPTIRVFG HLPRLSLSIN DIQYKTIMNL IANSIPSMID   850
DEENNGDYVN YSSGSEKEMK KQIQLQLKNT LKALENMQPL QIEQKFLELH   900
FDIDQAKIAF FQCIKNDSRN SEKLVDILCQ RLNFNFDKRA KEMNLDLRVH   950
SLDVEDYIEL TDNKEFKNLI SSGVEKVTRS QKDLFTLKYK RVQRIVPHND   1000
TLIELFDQDI VMHMSELQLV LTPRSVLTLM NYAMLTFTDP NAPEMPADVL   1050
RHNKEDRDDA PQKINMKIKM EAVNVIFNDD SIKLATLVLS AGEFTMVLLP   1100
ERYNINLKLG GLELTDETNE SFSRDSVFRK IIQMKGQELV ELSYESFDPA   1150
TNTKDYDSFL KYSTGSMHVN FIESAVNRMV NFFAKFQKSK VSFDRARLAA   1200
YNQAPSIDAV NNMKMDIVIK APIIQFPKLV GTQENNYDTM RFYLGEFFIE   1250
NKFSVIDESH KINHIKLGVR EGQLSSNLNF DGSSQQLYLV ENIGLLFNID   1300
RDPLPQDDTP ELKVTSNFES FALDLTENQL TYLLEISNKV SSAFNITDEN   1350
SGESGGKGEI KSPSPDPASL SSESERTATP QSLQGSNKSN IKNPEQKYLD   1400
FSFKAPKIAL TLYNKTKGVT SLNDCGLTRI MFQDIGCSLG LKNDGTVDGQ   1450
AHVAAFRIED VRNIKDNKHT ELIPKSKNKE YQFVANISRK NLEVGRLLNI   1500
SMTMDSPKMI LAMDYLVSLK EFFDAIMSKS HENNLYYPEN TNQKPENKAI   1550
VESVQEGGDV TKIQYSVNII ETALILLADP CDMNSEAISF KIGQFLVTDQ   1600
NIMTVAANNV GIFLFKMNSS EEKLRLLDDF SSSLTIDKRN STPQTLMTNI   1650
QLSVQPLLMR ISLRDIRLAM LIFKRVTTLL NKMTEKEDNG EEEESTDKIQ   1700
FSHEFERKLA VLDPSILGER SRASQSSDSE SIEVPTAILK NETFNADLGG   1750
LRFILIGDVH EMPILDMNVN EITASAKDWS TDFEALASLE TYVNIFNYSR   1800
SSWEPLLEMI PITFHLSKGH SEMDPAFSFD ILTQRIAEIT LSARSIAMLS   1850
HIPASLTEEL PLASRVSQKP YQLVNDTELD FDVWIQDKTT EDNKNEVVLL   1900
KANTSLPWEF EDWRSIREKL DIDKSKNILG VCVSGQNYKT IMNIDATTEG   1950
ENLHVLSPPR NNVHNRIVCE ARCDENNVKI ITFRSTLVIE NTTSTEIELL   2000
VDSKDPNKPS LKYAIKPHQS KSVPVEYAYD SDIRIRPASE DIYDWSQQTL   2050
SWKSLLSNQM SIFCSSKEDS NQRFHFEIGA KYDEREPLAK IFPHMKIVVS   2100
ASMTIENLLP ADINFSIFDK REEKRTDFLK TGESMEVHHI SLDSFLLMSV   2150
QPLQDEASAS KPSIVNTPHK SPLNPEDSLS LTLSGGQNLL LKLDYKNIDG   2200
TRSKVIRIYS PYIIMNSTDR ELYIQSSLLN IAQSKILLEN EKRYTIPKMF   2250
SFDKEDDKSN RARIRFKESE WSSKLSFDAI GQSFDASVRI KNKEQESNLG   2300
INISEGKGKY LLSKVIEIAP RYIISNTLDI PIEVCETGSM DVQQIESNIT   2350
KPLYRMRNIV DKQLVLKFLG GDSNWSQPFF IKNVGVTYLK VLKNSRHKLL   2400
KIEILLDKAT IFIRIKDGGD RWPFSIRNFS DHDFIFYQRD PRKVSDPYKD   2450
DQSNESSSRS FKPIFYRIPS KSIMPYAWDF PTAKEKYLVL ESGTRTREVR   2500
LAEIGELPPL RLDKRSKDKP APIVGLHVVA DDDMQALVIV NYKANVGLYK   2550
LKTASATTTS SVSVNSSVTD GFVQKDEDEK VNTQIVVSFK GVGISLINGR   2600
LQELLYINMR GIELRYNESK AYQTFSWKMK WMQIDNQLFS GNYSNILYPT   2650
EIPYTEKEIE NHPVISGSIS KVNDSLQAVP YFKHVTLLIQ EFSIQLDEDM   2700
LYAMMDFIKF PGSPWIMDSR DYKYDEEIQL PDVSELKTAG DIYFEIFHIQ   2750
PTVLHLSFIR SDEISPGLAE ETEESFSSSL YYVHMFAMTL GNINEAPVKV   2800
NSLFMDNVRV PLPILMDHIE RHYTTQFVYQ IHKILGSADC FGNPVGLFNT   2850
ISSGVWDLFY EPYQGYMMND RPQEIGIHLA KGGLSFAKKT VFGLSDSMSK   2900
FTGSMAKGLS VTQDLEFQRV RRLQQRINKN NRNALANSAQ SFASTLGSGL   2950
SGIALDPYKA MQKEGAAGFL KGLGKGIVGL PTKTAIGFLD LTSNLSQGVK   3000
STTTVLDMQK GCRVRLPRYV DHDQIIKPYD LREAQGQYWL KTVNGGVFMN   3050
DEYLSHVILP GKELAVIVSM QHIAEVQMAT QELMWSTGYP SIQGITLERS   3100
GLQIKLKSQS EYFIPISDPE ERRSLYRNIA IAVREYNKYC EAIL         3144